所有科比虛擬主機方案預設均有提供免費SSL，有關SSL安全憑證由Let's Encrypt 提供。Let's Encrypt並不相容部份使用較舊版本作業系統的電腦或者手機裝置， 例如Windows 7，詳細列表請參考
https://letsencrypt.org/zh-tw/docs/certificate-compatibility/
在不相容裝置上瀏覽啟用Let's Encrypt安全憑證的網站會顯示"不安全"訊息。
免費SSL有效期為60天，網上控制台Directadmin會在免費SSL到期前自動續期，假如續期出現任何問題，系統會電郵通知客戶，屆時客戶可以登入網上控制台Directadmin嘗試手動替網域重新啟用免費SSL。如果仍有錯誤，請電郵到 [email protected] 尋求協助。
一般新戶口開通，免費SSL會在一天內自動啟用。客戶也可以手動啟用SSL，方法如下。
1) 在網上控制台Directadmin選擇SSL證書
2) 選擇"從 ACME Provider 自動獲取證書"後，選擇需要啟用SSL的主機名稱
3) 如果網域所有服務(包括網站跟電郵)也是使用科比，可以選擇"萬元字元"，即任何子網域都會受產生的安全憑證保護，好處是將來新增的子網域毋須手動再產生安全憑證。
如果只有部分服務使用科比，可以個別選擇主機名稱。如果網域只有網站使用科比，只需選擇 www.DOMAIN.com及DOMAIN.com，如果只有電郵使用科比，只需選擇 mail.DOMAIN.com。
